1977年12月30日，經遼寧省編制委員會批準，正式成立遼寧省中醫研究所，人員編制100名。1982年6月，遼寧省計劃委員會批準建設一萬平方米的醫院，于1984年6月竣工。

     1984年3月，病房樓開始施工，于1986年9月竣工。在1987年6月，制劑室和職工食堂竣工投入使用后，基本建設完成，研究院的科研和醫療工作全面展開，步入新的發展階段。

    1985年11月，遼寧省中醫研究院臨床部改稱遼寧省中醫研究院附屬醫院，1986年9月2日正式掛牌開診。

    1990年成立了遼寧省中醫研究院鐵西門診。1993年成立了北市門診。1994年成立了太平門診。醫院的服務能力逐漸提升，影響力進一步擴大。

    1996年9月，醫院更名為遼寧省中西醫結合醫院，積極探索新的發展途徑。1997年3月，更名為遼寧中醫學院第二附屬醫院，隸屬關系由省衛生廳劃歸遼寧中醫學院。1998年2月，廢止了遼寧省中西醫結合醫院的名稱。

    1999年率先在醫院建立名醫堂、養生康復中心，提升醫院急診搶救和綜合服務能力。2003年遼寧省中醫研究院更名為遼寧省中醫藥研究院，進一步堅持中醫中藥并重，彰顯科研實力。

2006年，因大學更名，醫院更名為遼寧中醫藥大學附屬第二醫院。2008年11月，新病房大樓正式開工建設，標志著醫院發展進入了一個新的歷史時期。

“擴建門診病房科研教學綜合樓”項目入選國家發改委和國家中醫藥管理局“十三五”中醫藥傳承創新工程的2018年度衛生領域中央投資計劃建設項目。2018年8月，項目正式開工。2020年新綜合樓正式竣工并投入使用，為醫院發展奠定了堅實的基礎。